27 septembre 2021

Covid-19 ALERTE : pourquoi cette vague est plus grave et plus inquiétante que les précédentes ?

Le taux d’incidence Covid-19 et les infections ont augmenté de 150% en une semaine, indique le porte-parole du gouvernement, « du jamais vu depuis le début de la crise ».

« Vous avez une épidémie qui est repartie au niveau national. Nous sommes dans une quatrième vague Covid-19 », confirme ce jeudi 22 juillet sur France Inter le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal, au lendemain des annonces de Jean Castex.

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Cette vague de la Covid-19 « ne ressemble pas aux précédentes parce que la pente est beaucoup plus forte et parce que l’augmentation se fait beaucoup plus rapidement. Une augmentation de 150% de l’incidence et des contaminations en une semaine, c’est du jamais vu depuis le début de la crise », affirme-t-il.

Dans certains départements, la situation est beaucoup plus critique qu’ailleurs : « Je pense évidemment à la Martinique, où le taux d’incidence est très élevé, avec une faible proportion de la population vaccinée. Vous avez évidemment les Pyrénées-Orientales, où nous avons un taux d’incidence très élevé, l’Hérault et d’autres départements. »

« Il faut garder une vigilance absolue pendant l’été dans les gestes barrières, dans les contacts que l’on peut avoir les uns avec les autres, même si, évidemment, c’est difficile dans une période de vacances, une période estivale », rappelle-t-il sur la vague Covid-19.

En revanche, « il n’est pas question aujourd’hui de restrictions de circulation entre départements ou régions », a précisé Gabriel Attal. Du variant Covid-19 Alpha, identifié pour la première fois au Royaume-Uni, au très contagieux variant Delta, dont la progression inquiète les autorités, franceinfo résume les connaissances sur les principales nouvelles souches de Sars-CoV-2.

Ce contenu a été mis à jour pour la dernière fois vendredi 16 juillet. Certaines données peuvent avoir évolué depuis. Une mise à jour sera effectuée dans les prochains jours. Elles sont désormais appelées Alpha, Gamma ou Beta. Les variantes du Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, ont été renommées fin mai par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), en partie pour éviter de « stigmatiser » les pays où elles ont été identifiées, mais aussi pour donner aux variantes des noms « plus faciles à prononcer et à retenir ».

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Il est difficile de suivre les nouvelles souches Covid-19 qui ne cessent d’apparaître tant que le virus circule. Que sait-on de la variante Delta, dont la propagation rapide en France inquiète les autorités ? Quelles sont les variantes les plus contagieuses ? Les vaccins sont-ils encore efficaces contre les différentes mutations ? Pour y voir plus clair, franceinfo a rassemblé dans un tableau les informations connues à ce jour.

La variante Alpha détectée au Royaume-Uni

Le variant B.1.1.7 Covid-19, rebaptisé Alpha par l’OMS, a été identifié pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020, rapporte le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Cette lignée a été classée comme une « variante préoccupante » par l’OMS et l’ECDC. Un statut qui implique « des mesures de surveillance et de gestion spécifiques », explique Santé publique France (SPF).

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  • Dans quelle mesure est-elle présente en France ? La proportion de ce variant est en diminution depuis plusieurs semaines, selon l’analyse de risque liée aux variants émergents, publiée le 30 juin par Santé publique France (SPF) et le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires. Le variant Covid-19 Alpha représentait 77,4% des échantillons analysés dans l’enquête flash de SPF du 8 juin, contre 86,5% des échantillons dans l’enquête réalisée le 26 mai.

  • Les données encore partielles de la douzième enquête, réalisée le 22 juin, semblent confirmer cette tendance. Selon les premiers résultats communiqués par SPF, la variante Alpha n’était présente que dans environ 47% des échantillons.
  • Est-elle plus contagieuse ? Le variant Alpha est considéré comme « 40 à 60% » plus contagieux que la souche D614G qui a circulé en Europe lors de la première vague, explique le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique. La cause principale est la présence d’une mutation, N501Y, qui se situe dans la protéine Spike du virus. Cette mutation augmente la capacité du virus à se fixer sur les cellules humaines.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre cette maladie ? Les quatre vaccins disponibles en France (AstraZeneca, Janssen, Pfizer et Moderna) « restent actifs contre le variant Alpha », assure la Haute Autorité de santé (HAS) dans une note du 15 avril (PDF).
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Le variant 20I/484K identifié au Royaume-Uni

Le variant 20I/484K Covid-19, identifié au Royaume-Uni en décembre 2020, est un dérivé d’Alpha. Il porte également une mutation au niveau du 484e acide aminé de la protéine Spike, un « site cible pour le développement d’anticorps neutralisants », explique Bruno Lina. Ce variant est classé « préoccupant » par l’ECDC, mais pas par l’OMS.

  • Dans quelle mesure est-il présent en France ? Il représente 2,2% des échantillons analysés lors de la 11ème enquête flash de Santé publique France. Entre avril et mai, une diffusion localisée a été observée en Bretagne, Ile-de-France, Hauts-de-France et Normandie. Aujourd’hui, son niveau de circulation « semble être revenu à un niveau faible », note toutefois l’analyse de risque liée aux variantes Covid-19.
  • Est-elle plus contagieuse ? « Il y a encore peu de données de terrain » sur la contagiosité de ce variant, a commenté pour franceinfo Mylène Ogliastro, virologue à l’INRAE et vice-présidente de la Société française de virologie. Ses « caractéristiques de transmissibilité sont probablement proches de celles du variant Alpha » dont il est issu, avancent prudemment Santé publique France et le CNR.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? La mutation 484K est susceptible de provoquer « une diminution de l’efficacité » de la réponse immunitaire conférée par une vaccination ou par une infection antérieure, précisent les deux organismes. Des données in vitro récentes, publiées le 12 mai dans le New England Journal of Medicine, n’ont montré « aucun impact significatif de ce variant sur la réponse neutralisante avec le vaccin de Pfizer », note l’analyse des risques liés au variant, mais « les données épidémiologiques manquent encore sur l’impact de ce variant sur la population ».

Variant bêta identifié en Afrique du Sud

Le variant B.1.351 Covid-19, rebaptisé Beta par l’OMS, a été identifié pour la première fois en Afrique du Sud en mai 2020, selon l’ECDC. Cette lignée a été classée comme une  » variante préoccupante  » par l’OMS et l’ECDC.

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  • Quelle est sa présence en France ? Le variant Beta représente 9,3% des échantillons analysés lors de la onzième enquête de Santé publique France pour la surveillance des variants. A la Réunion, ce variant est majoritaire, écrit SPF dans son point épidémiologique du 8 juillet. En France, « il circule à un niveau faible ».
  • Est-il plus contagieux ? Le variant Beta Covid-19 n’est « pas tellement » plus contagieux que la souche D614G, explique à franceinfo Samira Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie des Hôpitaux universitaires de Strasbourg. « On estime qu’elle a un taux de transmissibilité 35 à 40% plus élevé », précise Bruno Lina.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre elle ? Également porteur de la mutation 484K, c’est le variant qui présente le plus grand risque de « diminuer la protection vaccinale », analyse le virologue. Selon la Haute Autorité de santé, il « apparaît » que le vaccin d’AstraZeneca « n’induit pas une réponse protectrice suffisante » contre ce variant. Dans les territoires où le variant Beta est « significativement présent », comme en Moselle et dans plusieurs départements d’outre-mer, la HAS recommande donc de privilégier les vaccins de Moderna, Pfizer-BioNTech ou Janssen. L’étude ComCor de l’Institut Pasteur suggère qu’un schéma de vaccination complet avec un vaccin à ARN messager confère une protection de 77 % contre l’infection par le variant Bêta, selon des données publiées le 14 juillet.

Variante Gamma identifiée au Brésil

La variante P.1 Covid-19, nommée Gamma par l’OMS, a été identifiée pour la première fois au Brésil en novembre 2020, selon l’ECDC. Cette lignée a été classée comme une  » variante préoccupante  » par l’OMS et l’ECDC.

  • Quelle est sa présence en France ? Au 8 juin, 0,4% des échantillons analysés contenaient ce variant, ce qui reste à un niveau très faible en France. La situation est toutefois différente en Guyane, où le lignage P.1 est « majoritaire depuis plusieurs semaines », rapporte Santé publique France.
  • Est-il plus contagieux ? Le variant Gamma présente la mutation N501Y, ce qui lui confère un degré de transmission potentiellement accru. Toutefois, son taux de contagiosité est « légèrement inférieur » à celui du variant Alpha, tempère le Conseil scientifique dans un avis du 16 avril (PDF). Bruno Lina précise que son niveau de transmissibilité probable est proche de celui du variant Bêta.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Face à ce variant porteur de la mutation 484K, l’efficacité des vaccins « semble préservée mais diminuée », explique le Conseil scientifique dans son avis du 16 avril.

Variante Delta identifiée en Inde

La variante B.1.617.2 Covid-19 est l’une des trois sous-lignées du variant B.1.617. Nommé Delta, il a été identifié pour la première fois en Inde en décembre 2020, selon l’ECDC, et est considéré comme une  » variante préoccupante  » par l’ECDC et l’OMS.

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  • Quelle est sa présence en France ? Au 8 juin, la souche Delta représentait 8,2% des séquences analysées, contre seulement 0,8% fin mai, et 0,2% début mai. Cette évolution montre  » une diffusion rapide de ce variant dans la population française « , selon SPF et le CNR. Les tout premiers résultats des deux prochaines enquêtes flash semblent confirmer que le variant Delta est devenu depuis majoritaire en France, révèle le point épidémiologique de Santé publique France, daté du 16 juillet. Ces données encore partielles suggèrent que le variant Delta Covid-19représentait 35% des séquences interprétables lors de la douzième enquête du 22 juin, et 55% lors de la treizième enquête du 29 juin. La trame test, qui fournit des données plus récentes mais moins précises que les sondages flash, reflète également cette tendance. Entre le 6 et le 12 juillet, 67,5 % des quelque 18 700 tests soumis à cette méthode étaient porteurs de la mutation L452R, qui est commune à plusieurs variantes, dont Delta. Bien que ce procédé ne permette pas de déterminer spécifiquement la part du variant Delta parmi ces tests contenant la mutation L452R, il est « très probable qu’une grande majorité » d’entre eux comportent ce variant, suggère l’analyse du risque de variante.
  • Est-il plus contagieux ? « Les premières données disponibles semblent suggérer que le variant Delta est plus contagieux que le variant Alpha », explique la virologue Samira Fafi-Kremer. Les autorités sanitaires britanniques ont en effet évoqué, le 11 juin, une contagiosité potentiellement supérieure de 60% par rapport au variant identifié au Royaume-Uni.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre ce virus ? L’efficacité des vaccins à ARN messager et du vaccin d’AstraZeneca dans la prévention des formes graves de la maladie « a été établie, y compris vis-à-vis du variant Delta », rapporte la HAS dans une note publiée le 9 juillet. L’autorité française s’appuie notamment sur des données préliminaires (en anglais) publiées le 14 juin et issues de la campagne de vaccination menée au Royaume-Uni.

Elles suggèrent que le vaccin Pfizer confère une protection de 96% contre les formes de Covid-19 nécessitant une hospitalisation. Ce taux est d’environ 92% pour le vaccin d’AstraZeneca. A noter que bien que « encourageantes », les données concernant le vaccin Janssen sont encore « insuffisantes pour conclure formellement que son efficacité est préservée » contre le variant Delta, poursuit la HAS.

Le variant Kappa détecté en Inde

Kappa Covid-19 est une autre sous-lignée du variant B.1.617, identifiée en décembre 2020 en Inde. Début juin, l’OMS a déclassé ce lignage en « variant à suivre » car les données existantes sont « insuffisantes pour le caractériser correctement et évaluer son impact », explique Santé publique France dans son point épidémiologique du 3 juin.

  • Dans quelle mesure est-il présent en France ? La lignée B.1.617.1 n’a été détectée que sporadiquement en France entre « mars et mai », selon l’analyse de risque du variant, qui ajoute qu' »aucun cas de Kappa n’a été détecté par séquençage au cours du mois de juin ». Ce variant « ne semble pas se propager largement dans le pays », concluent SPF et le CNR des virus des infections respiratoires.
  • Il n’existe pas encore de « données robustes » sur la transmissibilité de ce variant, explique Bruno Lina. Aucun impact significatif sur la santé publique n’a encore été démontré, ajoutent Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre ce virus ? Là encore, les connaissances sont partielles. Des données préliminaires in vitro suggèrent « une sensibilité légèrement réduite » aux anticorps induits par le vaccin Pfizer-BioNTech, expliquent les deux organismes.

Variant B.1.616 identifié en Bretagne

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Le variant B.1.616 Covid-19 a été identifié à Lannion (Côtes-d’Armor) en février 2021, selon l’ECDC, qui a classé cette lignée comme une « variante à surveiller ».

  • Quelle est sa présence en France ? Seuls quelques regroupements hospitaliers ont été signalés dans les Côtes-d’Armor au début de l’année. « Ces situations sont désormais sous contrôle et le dernier cas confirmé de ce variant a été diagnostiqué fin avril », ajoute l’analyse de risque du variant.
  • Est-il plus contagieux ? Il y a « beaucoup d’hypothèses et peu de certitudes » concernant ce variant, résume Bruno Lina. L’inquiétude concernant la lignée B.1.616 réside principalement dans la difficulté à l’identifier lors des tests de dépistage, en raison de sa faible présence dans les voies aériennes supérieures, ajoute le virologue.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre elle ? Les données disponibles à ce stade, issues des analyses du CNR sur les virus des infections respiratoires, ne montrent pas d’échappement immunitaire significatif (post-infection ou post-vaccination) de ce variant.

Le variant Eta, identifié au Nigeria et au Royaume-Uni

La lignée B.1.525 Covid-19, rebaptisée Eta par l’OMS, a été identifiée au Nigeria en décembre 2020, selon l’ECDC. Des cas de ce « variant à suivre » ont également été détectés au même moment au Royaume-Uni, ont écrit Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires en juin.

  • Dans quelle mesure est-il présent en France ? « Sa détection fluctue d’une enquête flash à l’autre, avec une prévalence comprise entre 1,5 et 2% entre avril et mai », selon l’analyse de risque liée au variant. Au 8 juin, seulement 0,7% des séquences analysées contenaient une trace du variant Eta. Des cas ont été identifiés dans les 13 régions de France ainsi qu’en Guadeloupe, à la Réunion et à Mayotte.
  • Est-il plus contagieux ? Aucun impact significatif sur la santé publique n’a été démontré à ce jour, l’analyse des risques se poursuit.
  • Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Ce variant contient la mutation 484K qui peut diminuer la réponse immunitaire induite par la vaccination. Cependant, « tous les variants apparus jusqu’à présent répondent aux vaccins disponibles », a déclaré Hans Kluge, directeur de l’OMS Europe, le 20 mai. Même avec un niveau de protection plus faible, « il n’existe pas aujourd’hui de vaccin significativement déficient contre tous les [variants] qui circulent », rassure Bruno Lina. Ce constat est partagé par Mylène Ogliastro qui insiste sur l’importance de la campagne de vaccination : « Si on laisse le virus circuler, la probabilité de voir apparaître de nouveaux variants augmente. »

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